Odpowiedź na oba pytania brzmi nie z tej prostej przyczyny, że za to wszystko odpowiadają ludzie, którzy popełniają błędy i nawet jeśli teraz wszystko jest ok, to nie oznacza, że zawsze tak będzie. Nawet w Manjaro zdarzają się takie sytuacje.
Różnica między instalacją z repozytoriów a instalacją ze skryptów polega na tym, że w repozytoriach znajdują się przetestowane pakiety, które powinny bez problemów działać, a nawet gdyby jakiś błąd się prześlizgnął, to deweloperzy dają nam rozwiązanie (co pokazuje podany przeze mnie przykład). W przypadku skryptów jak coś pójdzie nie tak, to jesteś zdany sam na siebie. A bardzo wiele może pójść nie tak, zwłaszcza w przypadku Manjaro i innych dystrybucji rolling release, które często i szybko się zmieniają. W najlepszym przypadku skrypt się nie uruchomi, w najgorszym konieczne będzie grzebanie w plikach systemowych (a gdy nie podołasz – reinstalacja systemu).
To jest twój wybór czy wolisz, żeby woził cię profesjonalny taksówkarz (repozytoria), czy pijany sąsiad (skrypty). Zawsze może się zdarzyć wypadek, ale w drugim przypadku jest on niemal pewny. Na tym forum każdy chce dobrze dla innych (mam nadzieję) i nie każdy ma czas i wiedzę potrzebną do grzebania w systemie dlatego powinieneś podawać najbezpieczniejszy sposób instalacji (czyli repozytoria). Co robisz u siebie, jest twoją prywatną sprawą i jeśli coś się popsuje, miej pretensje wyłącznie do siebie.