Jak usunąć w Thunar wybraną aplikację (niechcianą lub stary “śmieć”) z listy dostępnych aplikacja dla danego pliku, widocznej pod prawym klawiszem myszki w pozycji “Otwórz za pomocą”?
Stara rada, ale może wciąż aktualna: usunąć z pliku .desktop danej aplikacji odpowiednie MimeType.
https://forum.xfce.org/viewtopic.php?id=3163
Jeśli chodzi o pozostałości po odinstalowanych programach to w pierwszej kolejności spróbowałbym usunąć cache – albo odpowiedni katalog/plik Thunara w ~/.cache, albo cały katalog.
Aby usunąć daną aplikacje z mimetype musisz wejść do ~/home/.config/mimeapps.list, odszukać niechcianą aplikacje, i usunąć całą linie.
Dzięki za wskazówki.
Odinstalowałem kilka niedziałających aplikacji i w ten sposób udało mi się usunąć “śmieci”.
Widzę, że jest to bardziej złożone zagadnienie. Pliki z zapisami MimeType= znajdują się, albo w /usr/share/applications/ , albo w ~/.local/share/applications, a czami w obu tych miejscach.
Natomiast w pliku ~/home/.config/mimeapps.list nie ma wielu aplikacji, które są widoczne pod prawym klawiszem myszki w pozycji “Otwórz za pomocą”.
Z ciekawostek, na liście aplikacji otwierających pliki html jest winebrowser, co sugerowałoby, że plik otworzy się w Wine internet explorer. Jednak po chwili, ten plik otwiera się w mojej głównej linuksowej przeglądarce (choć uruchomienie go trwa trochę dłużej, niż w przypadku uruchomienia pliku html bezpośrednio w tej przeglądarce).
To skojarzenie jest zawarte w pliku ~/.local/share/applications/wine-extension-html.desktop, gdzie m.in. jest poniższy zapis, wskazujący, że w tym procesie “pośredniczy” Adobe 
MimeType=application/x-extension-html;
Exec=env WINEPREFIX="~/.adobe-reader-11" wine start /ProgIDOpen htmlfile %f
Bo ja wiem, czy takie złożone, raczej oczywiste. W tym (jak i w każdym innym przypadku) priorytet ma to co jest w katalogu domowym usera. I też jest to najlepsze miejsce na trzymanie własnych zmian i configów – to, co jest w /usr może zostać nadpisane podczas aktualizacji pakietu.