@Ksen przynajmniej jest jakiś postęp, wygląda to bardzo podobnie do problemu, który miałem niedawno z laptopem siostry, i magicznie zniknął 
Bazy kluczy co prawda nie usunąłeś, tylko zmieniłeś nazwę (punkt 2), ale to na jedno wychodzi. Teraz po następnym uruchomieniu komputera wpisz w konsoli to, co ja wtedy, czyli:
sudo pacman -Syy
sudo pacman -S archlinux-keyring manjaro-keyring
sudo pacman-key --populate archlinux manjaro
sudo pacman-key --refresh
sudo pacman -Syy
Jak przy pacman-key --refresh będzie wywalać błędy to spróbuj z poleceniem @robson75
@robson75 ja zawsze stosowałem sudo pacman-key --refresh i nigdy nie miałem problemów, chociaż może powinienem zmienić na twoje polecenie, skoro w wiki Manjaro tak podają.