Może być też tak, że w programach źle się wyświetla, a na wydruku wszystko będzie ok – warto to sprawdzić.
Jeśli problem leży w samym pliku, czy sposobie jego konwersji to można samemu spróbować to naprawić, tak jak zaproponował to @lcoyote albo poprzez automatyczną konwersję do PostScript i z powrotem do PDF (albo tylko do PostScript, każda przeglądarka PDF powinna być w stanie je obsłużyć):
pdf2ps twojplik.pdf
ps2pdf twojplik.ps
Można także spróbować przeinstalować poppler, bibliotekę renderującą, z której korzystają niemal wszystkie czytniki PDF.