Po uruchomieniu wyświetla się GRUB, czy od razu startuje Windows? W tym drugim przypadku prawdopodobnie coś jest narąbane w BIOSie.
Obydwa systemy są zainstalowane na jednym dysku? Sprawdź poniższe linki:
https://forum.manjaro.pl/t/co-sie-stalo-z-grub-em/2583