Sugeruję usuwać wszystko problematyczne, tak aby przeprowadzić aktualizację do końca.
A nawet jeśli po drodze system będzie żądał usunięcia pakietu, z którego korzystasz, to zapisz sobie jego nazwę, następnie roboczo usuń go na potrzeby dokończenia aktualizacji, a gdy już aktualizacja się skończy, to zainstaluj ponownie ten potrzebny i roboczo usunięty pakiet (co powinno się udać).