No i zagadka rozwiązana – domyślnie agent jest skonfigurowany do działania w konsoli. Utwórz ten plik i dopisz do niego:
pinentry-program /usr/bin/pinentry-qt
Oczywiście możesz zastąpić innym pinentry – jest ich kilka do wyboru, ale jeśli dobrze pamiętam korzystasz z KDE, więc wersja qt będzie najwłaściwsza. Potem oczywiście przeładowanie agenta i powinno śmigać:
gpg-connect-agent reloadagent /bye
Log w zasadzie potwierdza to co wyżej napisałem.